臺風是一種嚴重的自然災害，它使養殖網箱內的魚類碰撞、擦傷、易發生繼發細菌性潰瘍病等病害；使圍塘養殖的養殖環境發生突變，如鹽度、pH值急劇下降。環境突變使原有生態平衡(特別是微生態平衡)打破，細菌等病原生物以及氨氮、硫化氫等有害物質大量產生，魚蝦蟹易產生應激反應，導致疾病暴發和流行。因此，做好臺風后水產養殖病害預防工作顯得非常重要。下面，介紹幾條基本水產養殖病害防治措施。
(1)如果池壩、閘門堅固，臺風、暴雨前池塘內應盡量多蓄些海水，以防止淡水大量涌入池塘引起鹽度急劇下降。
(2)疏通排洪溝，做好隨時排去上層淡水的準備工作。
(3)飼料里拌Vc3‰、免疫多糖2‰、保肝健3‰、免疫多肽2‰，增強魚蝦體質與抗應激能力。